Департамент управління справами

Відділ документального забезпечення

Відділ організаційної роботи

Відділ матеріально-технічного забезпечення

Відділ управління державним майном та підприємствами

Департамент загальної середньої та дошкільної освіти

Відділ дошкільної та початкової освіти

Відділ інклюзивної освіти та інтернатних закладів

Відділ експериментальної педагогіки та управління освітою

Відділ змісту середньої освіти та освіти національних меншин

Відділ взаємодії з місцевими органами виконавчої влади та самоврядування

Департамент професійно-технічної освіти

Відділ взаємодії з соціальними партнерами та виробництвом

Відділ змісту та організації навчального процесу

Відділ позашкільної освіти, виховної роботи та захисту прав дитини

Відділ захисту інформації та інформаційно-технічного забезпечення

Департамент вищої освіти

Відділ інформаційно-аналітичної роботи

Відділ гуманітарної освіти

Відділ педагогічної та післядипломної освіти

Відділ природничої та технічної освіти

Сектор міжнародних освітніх проектів

Сектор спеціальної освіти

Сектор з питань підготовки молодших спеціалістів

Департамент роботи з персоналом та керівними кадрами

Відділ кадрів державної служби

Відділ керівних кадрів

Відділ організаційно-кадрової роботи та заохочень

Відділ підготовки та атестації наукових та науково-педагогічних кадрів

Департамент атестації кадрів

Відділ атестації здобувачів наукових ступенів з економічних, суспільних та гуманітарних наук

Відділ атестації здобувачів наукових ступенів з природничих, аграрних та медичних наук

Відділ атестації здобувачів наукових ступенів з технічних наук

Відділ організаційно-аналітичного забезпечення

Департамент наукової діяльності та  ліцензування

Відділ планування та реалізації  наукових програм

Відділ фундаментальних  та прикладних досліджень

Відділ нормативного забезпечення та ліцензійної експертизи

Відділ  акредитації та визнання документів про освіту

Департамент економіки та фінансування

Відділ зведеного планування та аналізу

Відділ планування та фінансування вищих навчальних закладів

Відділ планування та фінансування загальнодержавних програм

Відділ праці та нормативно-інформаційного забезпечення

Юридичний департамент

Відділ нормативно-правової роботи та  редагування нормативно-правових актів

Відділ із забезпечення взаємодії з Верховною Радою України

Відділ представництва в судах

Відділ нормативного забезпечення та організаційної роботи

Департамент взаємодії з центральними органами виконавчої влади, засобами масової інформації  та громадськими організаціями

Відділ з питань  координації діяльності центральних органів виконавчої влади

Відділ контролю

Відділ  взаємодії з засобами масової інформації та зв’язків з громадськістю

Відділ забезпечення діяльності Міністра

Управління міжнародного співробітництва

Відділ  міжнародних договорів

Відділ міжнародного науково-технічного забезпечення

Управління бухгалтерського обліку та звітності

Відділ звітності та бухгалтерського забезпечення центрального апарату

Відділ методології бухгалтерського обліку та державних закупівель

Відділ внутрішнього аудиту

Сектор  безпеки життєдіяльності

Спецсектор